Recrutement

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NB : Si vous souhaitez diffuser une offre de stage, de thèse ou d'emploi en sciences séparatives, merci de nous transmettre vos offres de recrutement dans l'espace pratique/contact.

Stage : offre de stage M2 Strasbourg

Edité le 11/07/2017

Chromatographie liquide à haute température utilisant l'eau à l'état subcritique comme phase mobile alternative aux solvants organiques

 

 

L'activité chimique des industries et des laboratoires de recherche ou de contrôle a des conséquences néfastes sur l'environnement. La préoccupation grandissante des gouvernements pour la protection de l'environnement impose aux chimistes, y compris aux spécialistes de la chimie analytique, de développer une chimie plus respectueuse de l'environnement, une chimie dite « verte », non polluante. Elle englobe la conception de produits et de procédés chimiques qui réduisent ou éliminent totalement l'utilisation et/ou la production de substances nuisibles à notre santé et à l'environnement.

Des efforts considérables ont déjà été réalisés dans les étapes de préparation des échantillons et également dans les techniques de séparation, on peut citer par exemple, la chromatographie liquide à ultra-haute performance (CLUHP) qui permet grâce à la réduction de la taille des particules de phase stationnaire et/ou du diamètre des colonnes, de réduire considérablement le temps d'analyse et la consommation de solvants ; ou encore la chromatographie à fluide supercritique (CFS), la CLHP micro-ou nanométrique, et la chromatographie liquide à haute température (CLHT). Ces techniques se sont révélées être prometteuses sur le plan environnemental en réduisant la quantité de déchets générés par l'analyse. La CLHT, en particulier, présente de nombreux avantages, on peut citer la possibilité de réaliser des séparations très rapides. En effet, sous l'action de la température, la viscosité des phases mobiles et les contre-pressions sont réduites permettant ainsi de travailler à des débits plus élevés (3 ml/min). De plus, les quantités de solvants organiques utilisées peuvent être réduites, voire même remplacées par de l'eau. Sous pression et à des températures entre 100 et 250°C, le pouvoir éluant de l'eau en phase inverse augmente en effet fortement et peut agir comme éluant unique. Cette technique offre donc la possibilité de permettre des méthodes d'analyses dites « vertes » respectueuses de l'environnement, en réduisant l'usage de solvants et de réaliser des économies substantielles dans les coûts d'utilisation et d'élimination des solvants organiques. Enfin, elle présente l'avantage d'élargir le choix des systèmes de détection utilisables ; par exemple en permettant la détection à des longueurs d'ondes faibles, ce qui n'est pas toujours possible lorsqu'on utilise des solvants organiques.

Le vif intérêt pour cette technique a été rendu possible, non seulement grâce au développement depuis quelques années de nouvelles phases stationnaires thermiquement stables, composées de matériaux résistants tels que le carbone graphité, la zircone, mais également grâce à la mise sur le marché de systèmes de chauffage performants. Toutefois, la CLHT peine à se développer, essentiellement en raison de préoccupations concernant la thermo-stabilité des analytes.

L'objet de cette étude est de démontrer la faisabilité du remplacement des mélanges organiques utilisés dans les méthodes standards par des solvants dits « verts » ou par uniquement de l'eau grâce à l'utilisation de températures élevées lors de la séparation. Le projet s'intéressera aux méthodes les plus largement utilisées par les laboratoires de contrôle et de recherche dans les domaines pharmaceutiques et alimentaires. En effet, ce sont deux secteurs où le plus grand nombre d'analyses est réalisé quotidiennement par CLHP pour le contrôle de substances actives ou de constituants. Les objectifs seront donc de réduire les quantités de solvants organiques utilisées lors de ces contrôles tout en conservant les performances analytiques afin d'assurer leurs conformités aux normes en vigueurs, et également de montrer les avantages écologiques et économiques de l'utilisation de la CLHT.

 

 

Laboratoire : IPHC, département des Sciences Analytiques, équipe CAMBA,

Faculté de Pharmacie, 74 route du Rhin, 67400 Illkirch-Graffenstaden.

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Stage : Offre de Stage M2 en alternance à Paris

Edité le 29/06/2017

Ingénieur analyse ADN - Alternance

Présentation de la société

Basée en plein cœur de Paris, la société DNA Script développe, en partenariat avec l'Institut Pasteur et l'ESPCI, une technologie révolutionnaire de synthèse d'ADN. Inspirée par la nature, notre technologie enzymatique a le potentiel de rendre la synthèse d'ADN considérablement plus rapide et moins chère.

Cette rupture technologique jouera un rôle clé dans le développement des biotechnologies, en permettant « d'écrire » des séquences d'ADN plus longues, avec une meilleure qualité et à un coût réduit. Elle permettra ainsi d'accélérer l'émergence de la biologie synthétique et de l'industrie du futur.

DNA Script compte 13 employés, a déjà levé près de 5 M€ auprès d'investisseurs européens renommés dans le secteur des biotechnologies et des sciences de la vie et prépare une prochaine levée de 10 M€ d'ici à la fin de l'année.

 

Poste à pourvoir

DNA Script possède une plateforme d'analyse composée de plusieurs équipements (électrophorèse capillaire Agilent 7100, chromatographie liquide UPLC H Class Waters, et spectromètre de masse simple quad, SQD2 Waters) permettant de déterminer la pureté d'un échantillon d'ADN.

Le candidat mènera une étude comparative des différentes techniques utilisées pour l'identification de la longueur d'un fragment d'ADN ainsi que pour la quantification de la pureté d'un échantillon d'ADN.

Pour ce faire, le candidat aura pour mission l'optimisation de méthodes d'analyse existantes et le développement de méthodes de quantification, en particulier en spectrométrie de masse.

 

Opportunités et défis

Nous souhaitons mettre en place une équipe innovante, passionnée et performante capable de mettre ses compétences au service d'un but : celui d'amener la prochaine génération de synthèse d'ADN sur le marché.

Nous offrons une opportunité unique de jouer un rôle essentiel dans la croissance d'une startup de biotechnologies à fort potentiel.

 

Compétences exigées

● Connaissance théorique et pratique HPLC, EC, Fluo, MS

● Rigueur ● Autonomie ● Connaissances de biologie moléculaire

● Bonne communication Compétences souhaitées

● Anglais courant

 

Expérience souhaitée

Alternance M2

 

Contact Xavier GODRON – Cofondateur – xg@dnascript.co - +33 6 14 27 00 21

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These : Offre de Thèse à Toulouse

Edité le 04/05/2017

Sujet de la thèse: Utilisation de la CE/UV/ESI-MS, pour l'analyse de composés issus de l'acide arachidonique impliqués dans les processus d'inflammation.

 

Laboratoire d'accueil: Laboratoire des IMRCP UMR CNRS 5623

 

Encadrants: Dr Véréna Poinsot et  Pr François Couderc

 

Résumé du projet de Thèse:

Les multiples effets anti-inflammatoires des acides gras polyinsaturés ont été mis en évidence dans les tissus des patients atteints de différentes maladies inflammatoires chroniques.

Il a été montré que ces effets dépendent de plusieurs mécanismes : une diminution importante de la réaction inflammatoire est corrélée à la diminution de la synthèse de produits de l'acide arachidonique (C20) comme le leucotriène B4 (LTB4, C20 tétra-insaturé dihydroxylé) de la protaglandine E2 (C20 di-insaturé, di-hydroxylé,  contenant une cétone et un cyclopentane) , du thromboxane B2 (C20 di insaturé di-hydroxylé avec un cycle tétra-hydropyranoyl portant une fonction hemi-acetal) de l'acide 5-hydroxyeicosatétraénoïque ( C20 mono hydroxylé, tétra-insaturé) et une inhibition de la production de protéines appelées cytokines proinflammatoires. Les acides gras impliqués dans l'inflammation sont très variés et peu stables.

 L'étude de ces molécules dans les milieux biologiques en particulier dans les plaies, constitue un secteur de la biochimie analytique qui peut être traité soit par la GC/MS ou la LC/MS-MS. Mais ces techniques souffrent pour la première de la difficulté de réactions de dérivation pour les rendre volatiles, soit pour la seconde d'un manque de résolution chromatographique due à leur longue chaine carbonée et leur isomérie qui rend la MS parfois difficile d'utilisation par son manque de sélectivité à doser ce type d'isomères. Une autre caractéristique de ce type de composé est leur aptitude à l'auto-organisation en solution qui joue sur leur activité biologique et sur leur efficience de séparation analytique.

Ainsi il faut pouvoir séparer mieux les espèces lipidiques impliquées dans ces phénomènes d'inflammation.

L'électrophorèse capillaire a été peu utilisée pour l'étude des lipides en effet les deux problèmes principaux, sont leur très faibles solubilités dans l'eau et la difficulté qu'il y a de les détecter en détection par absorption UV. Dans notre cas la solubilité est un problème aisément résolu soit par l'utilisation d'électrolytes tampon contenant des solvants organiques, des cyclodextrines ou des systèmes micellaires. Par ailleurs les composés issus de l'acide arachidonique absorbent légèrement en UV et donc cette application pourra aussi utiliser ce mode aisé de détection. La capacité d'auto-organisation de ces molécules pourra être mise à profit, en électrophorèse capillaire et sera étudiée avec l'équipe SMODD du laboratoire.

Nous proposons de travailler sur la mise au point de cette séparation en électrophorèse capillaire couplée à la spectrométrie de masse CE/UV/ESI-MS. Pour ce faire il faudra travailler sur la compatibilité du tampon de séparation, du « sheath flow » de l'ESI-, et de l'ESI-MS.

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These : Offre de thèse à l'ICOA Orléans

Edité le 08/03/2017

L'ICOA propose une offre de thèse sur le thème: Etude du métabolisme des nucléosides au niveau cellulaire par suivi enzymatique en EC-HRMS / CE-HRMS platform for nucleoside metabolism study in cell through enzyme kinetics

Durée et date de début: 3 ans, début de préférence : le 1 octobre 2017

Laboratoire d'accueil: Institut de Chimie Organique et Analytique (ICOA) - UMR 7311. Université d'Orléans

Equipe : Stratégies analytiques, Affinités et Bioactifs (SAAB)

Personnes à contacter: Reine Nehmé et Philippe Morin

Résumé :

Le métabolome d'une cellule définit en partie son phénotype métabolique et son analyse permet de comprendre un grand nombre de phénomènes, en particulier la variabilité des processus biologiques ainsi que l'hétérogénéité fonctionnelle des cellules (Altschuler et al., cell 2010. Spiller et al., Nature 2010). D'un point de vue analytique, les cellules sont des échantillons de très faible volume qui contiennent une grande variété de métabolites aux propriétés physico-chimiques diverses et aux concentrations différant de plusieurs ordres de grandeur. Les techniques séparatives couplées à des instruments d'analyse récents, tels que la spectrométrie de masse à haute résolution (HRMS), offrent des possibilités puissantes d'analyse de ces métabolites. Parmi celles-ci, l'électrophorèse capillaire (CE) couplée à la spectrométrie HRMS permet de réaliser des analyses rapides qui ne nécessitent que de faibles volumes d'échantillons injectés (quelques nLs) pour identifier et quantifier les métabolites contenus dans une cellule (Lapainis et al., Anal. Chem. 2009). 
Dans cette thèse, nous envisageons de développer une plateforme EC-HRMS qui permette l'étude du métabolisme cellulaire et le suivi des cinétiques enzymatiques. Comme preuve de concept, le métabolisme d'analogues nucléosidiques dans un fibroblaste sera étudié en EC par la détermination des constantes cinétiques (Km, Vmax, IC50) de plusieurs kinases virales et cellulaires impliquées dans leur activation ainsi que de polymérases. Notre recherche sera menée en utilisant comme modèle deux agents antiviraux, l'aciclovir et le cidofovir, utilisés pour la prise en charge des infections par le virus de l'herpès simplex (HSV). Les dosages seront développés en utilisant des enzymes purifiées, des lysats de cellules de fibroblastes puis des cellules entières. La quantification des produits enzymatiques et/ou des substrats par le CE-HRMS permettra de suivre le métabolisme de ces analogues de nucléosides. Des collaborations nationales et internationales seront impliquées pour garantir le succès du projet.

Abstract
Investigating the composition of the cellular metabolome is important for understanding a variety of phenomena, including single-cell biological variability and functional heterogeneity (Altschuler et al., cell 2010. Spiller et al., Nature 2010). Cells represent volume-limited samples containing a wide variety of metabolites with different physico-chemical properties and concentrations that span orders of magnitude. Chemical separations hyphenated to recent instrumentation such as high resolution mass spectrometry (HRMS) offer powerful options for metabolite analysis. Among the separation methods, capillary electrophoresis (CE), with its nano-sample volume requirements and fast analysis time, enables microanalyses that include profiling and quantitation of metabolites in single cells (Lapainis et al., Anal. Chem. 2009).
In this thesis, we intend to develop a CE-HRMS platform that enables studying metabolism in cells through monitoring of corresponding enzyme kinetics. As a proof-of-concept, the metabolism of nucleoside analogs (NA) in single fibroblast will be studied through CE monitoring of the kinetics (Km, Vmax , IC50) of cellular and viral kinases and polymerases involved in their activation. Our research will be conducted using as model two NA antiviral agents, aciclovir and cidofovir, employed for the management of Herpes Simplex Virus (HSV) infections. Assays will be developed using purified enzymes, fibroblast cell lysates and then entire cells. Quantifying enzymatic products and/or substrates by CE-HRMS will allow monitoring NA metabolism. National and international collaborations will be implicated in order to ensure the success of the project.

Références
1. P. Morin et al., Hyaluronidase reaction kinetics evaluated by capillary electrophoresis with UV and high-resolution mass spectrometry (HRMS) detection. Anal. Chim. Acta, 2017, 951, 140–150.
2. P. Morin et al., Human neutrophil elastase inhibition studied by capillary electrophoresis with laser induced fluorescence detection and microscale thermophoresis. J. Chromatogr. A 2016, 1431, 215-223.
3. H. Bénédetti et al., New in-capillary electrophoretic kinase assays to evaluate inhibitors of the PI3k/Akt/mTOR signaling pathway. Anal. Bioanal. Chem. 2014, 406, 3743-3754.
4. P. Morin et al., Electrophoretically mediated microanalysis for in-capillary electrical cell lysis and fast enzyme quantification by capillary electrophoresis. Anal. Bioanal. Chem. 2013, 405, 9159-9167.

 

Profil du candidat: 

Qualifications souhaitées:  Ingénieur Chimiste, Master 2 Chimie Analytique

Connaissances linguistique : Anglais

Autres qualifications :  Solides compétences en Sciences Séparatives et Spectrométrie de masse. Connaissances en Biochimie.
 

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These : Offre de thèse à l'IFP Energies nouvelles

Edité le 09/01/2017

INTITULE DU SUJET : Spectrométrie de masse en couplage avec la chromatographie en phase liquide vers une description plus détaillée des matrices complexes oxygénées et hydrocarbonées.

Mots clefs: chromatographie en phase liquide, spectrométrie de masse, couplages, biomasse, produits
pétroliers

 

RESUME : 

Pour répondre aux défis du domaine de l'énergie, IFP Energies nouvelles travaille à la transformation de la biomasse  lignocellulosique en biocarburants et en molécules plateformes biosourcées ainsi qu'au développement, pour l'industrie pétrolière, de procédés moins consommateurs d'énergie et davantage respectueux de l'environnement. La connaissance détaillée des produits générés est essentielle pour développer des procédés et des catalyseurs performants. Or la complexité chimique de ces matrices limite leur caractérisation moléculaire. Les couplages entre chromatographie en phase liquide et spectrométrie de masse (LC/MS) sont à privilégier pour identifier les molécules contenues dans ces matrices. Cette thèse a pour objectif de développer de nouveaux outils comme un couplage LC-UV/MS/MS permettant de combiner une information structurale aux données classiquement accessibles par chromatographie en phase liquide afin de proposer une structure pour chaque espèce détectée dans une solution chimique complexe. L'aspect quantification des molécules fera également l'objet d'études dédiées. La méthodologie expérimentale et théorique développée sera appliquée sur des molécules modèles ainsi que sur des produits issus des travaux de recherche et innovation menés par IFP Energies nouvelles.

Directeur de thèse: Dr CHARON Nadège

Ecole doctorale ED206: Ecole doctorale Chimie

Encadrant IFPEN: Dr LE MASLE Agnès,

Localisation du doctorant: IFP Energies nouvelles, Lyon, France

Durée et date de début: 3 ans, début de préférence : le 1 novembre 2017

Employeur: IFP Energies nouvelles, Lyon, France


Qualifications souhaitées:  Ingénieur Chimiste, Master 2 Chimie Analytique

Connaissances linguistique : Anglais

Autres qualifications :  Solides compétences en Sciences Séparatives et Spectrométrie de masse

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Emploi : Technicien en chimie analytique

Edité le 19/12/2016

Le Centre International de toxicologie (CITOXLAB) recherche un technicien en chimie analytique.

Durée du contrat: 6 mois

Localisation: Evreux (27)

Notre organisme:

Le groupe CiToxLAB offre une vaste gamme de services précliniques pour répondre aux besoins des sociétés pharmaceutiques, biotechnologiques, chimiques, cosmétiques et agro-alimentaires au niveau international.
Avec ses 5 centres localisés en France, Canada, Danemark et Hongrie, CiToxLAB est un acteur préclinique majeur dont la mission est principalement d'évaluer les nouveaux médicaments. Ses 800 salariés – dont 300 salariés sur le site d'Evreux – réalisent des études de sécurité (toxicologie notamment), de pharmacologie, de bioanalyse, d'immunologie et de pharmacocinétique. Grâce à ses cadres scientifiques de haut niveau et des installations ultramodernes, CiToxLAB répond aux normes les plus élevées en matière d'évaluation préclinique et compte aujourd'hui plus de 400 clients, dont 9 des 20 premières sociétés pharmaceutiques mondiales. Ses multiples implantations lui permettent également d'apporter à ses clients une grande flexibilité ainsi qu'un accès direct aux experts.

Vos missions:

Au sein du service du service d'analyses pharmaceutiques, vous aurez pour principales missions sous la responsabilité du responsable de service de :

  • Effectuer les opérations nécessaires à la conduite des tâches ou des études dont vous serez responsable, conformément aux bonnes pratiques de laboratoire, aux procédures standards, aux protocoles d'études et au règlement intérieur du Centre.
  • Appliquer progressivement certaines techniques analytiques du laboratoire (HPLC/UV, GC/FID, LC/MS-MS notamment)
  • Réaliser la conduite de dosages comprenant notamment: les prélèvements et préparations d'échantillons, analyse par les techniques précitées, gestion des données et des résultats, saisie informatique des résultats.
  • S'assurer de la conformité des résultats obtenus
  • Lire les protocoles, avenants et notices en anglais
  • Transmettre à votre supérieur hiérarchique et/ou au directeur d'études les informations concernant tout événement survenant au cours de votre travail.
  • Pouvoir participer à la manipulation, au traitement et à l'entretien des animaux, du matériel ou des locaux.

Votre profil:

Vous possédez un DUT/BTS (chimie ou bioanalyse et contrôle) ou une licence professionnelle de chimie analytique, idéalement avec une expérience professionnelle significative de de 3 ans minimum de technicien(ne) avec une pratique soit de HPLC/UV, soit de GC/FID.
La maîtrise du logiciel Empower serait un avantage
Vous êtes autonome et vous êtes à l'aise en informatique.
Vous possédez une aisance relationnelle et un sens du contact et du service
Vous êtes organisé(e), vous appréciez de travailler en équipe et en réseau
Vous êtes rigoureux(se), vous respectez les délais, les procédures et les consignes
Votre anglais est opérationnel et vous êtes à l'aise en anglais scientifique écrit
Vous pourrez travailler en horaire décalé selon les études en cours
 

Pour candidater:

Envoyer un CV et une lettre de motivation à l'attention de Mélinda LE BRETON à l'adresse recrutement@fr.citoxlab.com avec les références TKCHIAPC4/17

 
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Stage : Evaluation des variations structurales hydrophile et hydrophobe d'oligonucléolipides sur les paramètres chromatographiques

Edité le 30/11/2016

Les protéines sont essentielles au bon fonctionnement du corps humain. Cependant lorsque certaines protéines sont surexprimées, les cellules développent un phénotype anormal voir cancéreux. Afin de réguler l'expression de ces protéines, il est possible d'utiliser certaines molécules dont le mécanisme d'action est de bloquer la surexpression des protéines responsables. Parmi ces outils, les oligonucléotides antisens (ASO) permettent de s'hybrider spécifiquement à une séquence d'ARN afin d'inhiber sa traduction et donc la production de protéine.1,2
Les ASO sont de courtes séquences d'ADN qui peuvent être modifiées chimiquement afin d'augmenter le potentiel d'action ou d'éviter leur dégradation par des nucléases extracellulaires. Cependant, l'inhibition étant intracellulaire, des agents de transfection sont indispensables pour la vectorisation cellulaire. Ces agents de transfection sont toxiques in vivo, ce qui ne permet pas l'utilisation de ces outils en thérapeutique. L'équipe du Pr P.Barthélémy en collaboration avec l'équipe du Dr P.Rocchi au CRCM à Marseille ont démontré que l'ajout d'une partie apolaire à l'ASO engendrait une organisation supramoléculaire (objet micellaire)3,4 permettant une autovectorisation intracellulaire.

La purification après synthèse se fait majoritairement par HPLC, mais les caractéristiques physico-chimiques sont modifiées lors de l'ajout de la partie hydrophobe sur l'ASO et sont de nature très différente. L'objectif est une approche systématique de l'étude de la diversité structurale des parties hydrophile et hydrophobe par deux modes chromatographiques RP et HILIC associée à une approche par plan d'expériences 5, afin d'établir quels sont les paramètres chromatographiques pertinents et corrélés avec hétérogénéité structurale.
Références :
(1) Zamecnik, P. C.; Stephenson, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75 (1), 280
(2) Stephenson, M. L.; Zamecnik, P. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75 (1), 285
(3) Gissot, A.; Primo, C. D.; Bestel, I.; Giannone, G.; Chapuis, H.; Barthélémy, P. Chem. Commun. 2008, 43, 5550
(4) Patwa, A.; Gissot, A.; Bestel, I.; Barthélémy, P. Chem. Soc. Rev. 2011, 40 (12), 5844
(5) C. Boussès, L. Ferey, E. Vedrines, K. Gaudin, JPBA, 2015, 115, 114-122
Période du stage : Janvier 2017 à juin 2017

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Stage : Stage de M2 à l'Institut galien Paris sud

Edité le 26/10/2016

L'équipe "Proteins and Nanotechnology in Analytical Science" de l'Institut Galien (UMR CNRS 8612) propose un sujet de master 2 intitulé:

"Exploration de l'albuminome pour le diagnostic de la maladie d'Alzheimer."

Début du stage: JANVIER 2017 pour 5 mois minimum

Lieu du stage: 5 rue JB Clément 92260 Châtenay-Malabry 

Site web du laboratoire: http://www.umr-cnrs8612.u-psud.fr/pres_eq4.php

 

Sujet du stage:

La maladie d'Alzheimer (MA) est un trouble neurodégénératif caractérisé par un déclin progressif mais sévère des fonctions cognitives et l'apparition de troubles du langage. Les peptides β amyloides (Aβ 1-40, 1-42), les protéines tau et tau phosphorylée sont classiquement quantifiés dans le liquide céphalorachidien (LCR) comme biomarqueurs de la progression de la MAi. Les tests cognitifs, l'imagerie et parfois les immuno-essais sont utilisées dans un contexte cliniqueii. Cependant, le manque d'harmonisation des techniques immunoessais entraine une forte variabilité des concentrations mesurées d'un laboratoire à l'autre, ce qui empêche la comparaison des résultats et ne permet pas de définir des valeurs seuils de concentrations. Pour prélever des échantillons du LCR, il faut une méthode invasive qui ne se pratique que dans un laboratoire ou hôpital bien équipé avec un environnement d'experts, ce qui rend cette opération peu triviale. En outre, l'utilisation des biomarqueurs conventionnels mentionnés ci-dessus n'est pas suffisant pour distinguer la MA des autres maladies neurodégénératives avec une sélectivité élevée. Pour toutes ces raisons, un test diagnostique de la MA basé sur l'identification de biomarqueurs plasmatiques permettrait d'améliorer grandement le diagnostic
de la MA.
Ce projet explore une nouvelle catégorie de biomarqueurs souvent ignorée en raison de leur nature « cachée ». En effet, l'albumine, protéine plasmatique majoritaire, a la capacité de lier avec une affinité élevée et de transporter une large gamme de molécules (métabolites, protéines…)iii. Dans ce projet, l'albumine est utilisée comme un « aimant » afin de capter et améliorer la détectabilité de biomarqueurs potentiels, en les protégeant également de la clairance rénale. Ainsi, cette fraction enrichie pourrait être exploitée comme une source pertinente de nouveaux biomarqueurs de la MA de hautes spécificité et sensibilité.
L'objectif principal de ce projet est de proposer une stratégie innovante et sensible basée sur l'analyse du subprotéome de l'albumine (peptides tronqués ou non et liés à l'HSA) pour permettre l'identification et la quantification de biomarqueurs plasmatiques de la MA, pour mieux diagnostiquer cette maladie. Les traitements des échantillons plasmatiques provenant de sujets sains et AD pour isoler le sub-protéome de l'albumine seront optimisés. La fraction contenant les peptides Aβ sera analysée et quantifiée par électrophorèse capillaire couplée à la spectrométrie de masse (EC-ESI/QTOF/SM). Les conditions EC (tampons, traitement de surface du capillaire) et SM (liquide additionnel, paramètres de source ESI) seront étudiées afin d'obtenir les sélectivité et sensibilité les plus élevées. Des traitements mathématiques seront utilisés pour normaliser les profiles EC-SM des groupes MA et contrôle.
Techniques/méthodes utilisées :
- Traitement de l'échantillon : déplétion de l'albumine du plasma par précipitation ou immunoaffinité, coupure des liaisons protéines- ou peptides-albumine, immunocapture.
- Electrophorèse capillaire couplée à la spectrométrie de masse QTOF via une interface électrospray 

Résultats attendus :
Les différences entre les 2 groupes MA et contrôle seront vérifiées par des tests statistiques sur une petite
cohorte de 10 patients par groupe.

 

Personne à contacter: 

Dr Thuy Tran
Tél :01 46 83 59 03
E-mail :  thuy.tran-maignan@u-psud.fr

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Emploi : SFC-MS / TOTAL CRES and ESPCI (Paris)/ CDD 18 Months

Edité le 02/05/2016

Description

The aim of this project is to evaluate the coupling of supercritical fluid chromatography with high resolution mass spectrometry and detector CORONA.

Today, a lot of additive compounds are added in petroleum products to improve their final performance properties. Enhanced separation power is necessary for identification and quantification proposes. In this project, identification low quantity additives in complex petroleum matrix will be investigated using online coupling of supercritical fluid chromatography with mass spectrometry. In a second step, Corona detection will be investigated in order to quantify the identified additives.  

Profile

PhD degree in analytical chemistry with a first relevant experience in separation science and mass spectrometry (MS).

The knowledge of petroleum products is a plus.

Skills

- Separation science (theory and practical knowledge in SFC would be essential, experiences in liquid or gas chromatography could be equally important)

- High resolution mass spectrometry (TOF, IM-MS)

- Ability to synthesize

- Well organized / Autonomy

- Good oral and written communication skills

- Fluent English

Scientific persons in charge

Didier Thiébaut, Directeur de Recherche au CNRS 

UMR CNRS - ESPCI ParisTech 8231 Chimie Biologie Innovation
Laboratoire Sciences Analytiques, Bioanalytiques et Miniaturisation 
ESPCI-LSABM 
10 Rue Vauquelin
75231 Paris cedex 05, France
Tel : 01 40 79 46 48 / didier.thiebaut@espci.fr

This work will be also followed by an engineer of Total.

TOTAL Marketing and Services

Contact : 

Yang Bai

Tel : +(33) 4 78 02 63 33 / yang.bai@total.com

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These : Nouveaux greffages de capillaires pour l'analyse biopharmaceutique par CE et CE/MS

Edité le 19/04/2016

Directeurs de thèse :

Prof. Hervé Cottet / Dr. Laurent Leclercq

Institut des Biomolécules Max Mousseron, UMR 5247 CNRS, Université de Montpellier, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier, France

Envoyer un CV, une lettre de motivation et les lettre(s) de recommandation à:

herve.cottet@umontpellier.fr / laurent.leclercq@umontpellier.fr

Tel: +33 467143427 / +33 467143920

 

Description du projet :

 

La séparation et la caractérisation des protéines restent un défi analytique en analyse protéomique. Le couplage électrophorèse capillaire - spectrométrie de masse (CE-MS) est l'une des techniques adaptées à la séparation de macromolécules biologiques chargées et des protéines intactes [1-2], avec un grand nombre d'applications biopharmaceutiques [3]. La CE est notamment utilisée pour le contrôle de la pureté des protéines thérapeutiques (hétérogénéité de charge des anticorps monoclonaux) et pour la séparation d'isoformes dans les phases de développement, de formulation, d'étude de stabilité et de contrôle de la production [3]. Pour ces applications, le revêtement de la paroi interne du capillaire joue un rôle crucial afin d'obtenir des séparations efficaces (pics fins) et reproductibles [4] en évitant tout phénomène d'adsorption à la surface du capillaire. Parmi les différentes approches retenues pour prévenir de telles interactions, les systèmes multicouches de polyélectrolytes ont été introduits en 1998 [5] et développés par la suite pour des séparations notamment en milieu acide [6-7]. Néanmoins, des améliorations significatives sont possibles si l'on compare les efficacités de séparation obtenues expérimentalement à la valeur maximale théorique dans le cas d'un élargissement des pics contrôlée par la diffusion axiale.

Le but de ce projet consiste à optimiser des greffages de capillaire à base de polyélectrolytes et/ou de polyzwitterions pour la séparation par CE et CE-MS de protéines et d'anticorps monoclonaux. Cinq principaux concepts seront développés et optimisés : (i) modulation de l'écoulement électroosmotique en fonction de la nature des polyélectrolytes formant le système multicouches dans le but de proposer des solutions robustes offrant différents compromis entre la résolution des séparations et le temps d'analyse en conditions de séparation acide ou neutre/basique; (ii) étude de l'influence de la force ionique du tampon de construction des multicouches sur les performances séparatives des meilleurs couples de polyélectrolytes étudiés; (iii) nouveaux greffages par dépôt de complexes de polyélectrolytes préparés hors du capillaire en remplacement des systèmes multicouches préparés in situ dans le capillaire ; (iv) application à la caractérisation d'anticorps monoclonaux, notamment à visée oncologique, dans un tampon acide -aminocaproïque à pH 4.5, pour le contrôle de leur pureté et le suivi de leur agrégation par CE et analyse de la dispersion de Taylor [8]; (v) applications des meilleurs revêtements à l‘analyse par CE-MS de protéines et d'anticorps monoclonaux intacts et réduits. Ce dernier point sera développé et réalisé en collaboration avec le Prof. Christian Neusuess à la Faculté de Chimie de Aalen (Allemagne) lors d'un séjour de 4 mois sur la durée de la thèse.

Références bibliographiques:

[1] CE-MS for the analysis of intact proteins 2010-2012. R.  Haselberg, G. J. de Jong, G. W. Somsen. Electrophoresis 2013, 34(1):99-112.

[2] High resolution TOF MS coupled to CE for the analysis of isotopically resolved intact proteins, A. Taichrib, M. Pelzing, C. Pellegrino, M. Rossi, C. Neusüß. J. Proteomics 2011, 74, 958-966.

[3] Intact protein analysis in the biopharmaceutical field. A. Staub, D. Guillarme,  J. Pharm Biomed. Anal., 2011, 55, 810-822.

[4] Relevance and use of capillary coatings in capillary electrophoresis–mass spectrometry. C. Huhn, R. Ramautar, M. Wuhrer, G. W. Somsen.  Anal. Bioanal. Chem. 2010, 396, 297-314.

[5] Stable Capillary Coating with Successive Multiple Ionic Polymer Layers. H. Katayama, Y. Ishihama, N. Asakawa. Anal. Chem., 1998, 70, 2254-2260.

[6] Stability of capillaries coated with highly charged polyelectrolyte monolayers and multilayers under various analytical conditions – Application to protein analysis. R. Nehmé, C. Perrin, H. Cottet, M.-D. Blanchin, H. Fabre. J. Chromatogr. A, 2011, 1218, 3537-3544.

[7] Polyelectrolyte multilayer coatings for the separation of proteins by capillary electrophoresis: influence of polyelectrolyte nature and multilayer crosslinking. S. Bekri, L. Leclercq, H. Cottet, J. Chromatogr. A., 2015, 1399, 80-87.

[8] Monitoring biopolymer degradation by Taylor dispersion analysis. J. Chamieh, J.-P. Biron, L; Cipelletti, H. Cottet, Biomacromolecules, 2015, 16, 3945-3951.

 

Title of the PhD project: New capillary coatings for biopharmaceutical CE and CE-MS applications

 

PhD supervisors:

Prof. Hervé Cottet / Dr. Laurent Leclercq

Institut des Biomolécules Max Mousseron, UMR 5247 CNRS, Université de Montpellier, Ecole Nationale Supérieure de Chimie de Montpellier, France

Send a CV, a motivation letter and recommendation letter(s) to:

herve.cottet@umontpellier.fr / laurent.leclercq@umontpellier.fr

Phone numbers: +33 467143427 / +33 467143920

 

Project description:

The separation and characterization of proteins remain an analytical challenge in proteomics. The coupling between capillary electrophoresis and mass spectrometry (CE-MS) is well suited to the separation of charged biological macromolecules and intact proteins [1-2], with a strong focus on biopharmaceutical applications [3]. CE is notably used for the quality control of therapeutic proteins (charge heterogeneity of monoclonal antibodies) and for the separation of isoforms at the different stages of development, formulation, stability study and production control of biopharmaceutics. For these applications the capillary coating plays a crucial role to get efficient and reproducible separations [4], avoiding any protein adsorption phenomenon onto the capillary surface. Among the different possible approaches to avoid such undesirable interactions, polyelectrolyte multilayers have been introduced in 1998 [5] and further developed, notably for separations in acidic conditions [6-7]. Nevertheless, significant improvements are still possible if one compares the separation efficiencies obtained experimentally to the maximum theoretical value corresponding to the case of peak broadening controlled by axial diffusion.

 

The aim of this project is to optimize capillary coatings based on polyelectrolytes and/or polyzwitterions for the CE and CE/MS separations of proteins and monoclonal antibodies. Five main concepts will be developed and optimized: (i) modulation of the electroosmotic flow by changing the nature of the polyelectrolytes contained in the multilayer system to propose robust solutions offering different compromises between resolution of the separation and analysis time in acidic or basic/neutral conditions of separation; (ii) influence of the ionic strength of the multilayer construction buffer on the separation performances for the best experimented polyelectrolyte couples; (iii) new coatings based on the deposition of polyelectrolyte complexes prepared outside the capillary instead of multilayer coatings prepared in-situ in the capillary; (iv) application to the characterization of monoclonal antibodies used in oncology using a-aminocaproic acid buffer at pH 4.5 for the purity control and the monitoring of their aggregation by CE and Taylor dispersion analysis [8]; (v) application of the best coatings to the CE-MS analysis of proteins and intact or reduced monoclonal antibodies. This last study will be developed and performed in collaboration with Prof. Christian Neusuess at the Faculty of Chemistry in Aalen (Germany), on a basis of a 4 months stay in his lab. during the thesis.

 

Bibliographical references:

[1] CE-MS for the analysis of intact proteins 2010-2012. R.  Haselberg, G. J. de Jong, G. W. Somsen. Electrophoresis 2013, 34(1):99-112.

[2] High resolution TOF MS coupled to CE for the analysis of isotopically resolved intact proteins, A. Taichrib, M. Pelzing, C. Pellegrino, M. Rossi, C. Neusüß. J. Proteomics 2011, 74, 958-966.

[3] Intact protein analysis in the biopharmaceutical field. A. Staub, D. Guillarme,  J. Pharm Biomed. Anal., 2011, 55, 810-822.

[4] Relevance and use of capillary coatings in capillary electrophoresis–mass spectrometry. C. Huhn, R. Ramautar, M. Wuhrer, G. W. Somsen.  Anal. Bioanal. Chem. 2010, 396, 297-314.

[5] Stable Capillary Coating with Successive Multiple Ionic Polymer Layers. H. Katayama, Y. Ishihama, N. Asakawa. Anal. Chem., 1998, 70, 2254-2260.

[6] Stability of capillaries coated with highly charged polyelectrolyte monolayers and multilayers under various analytical conditions – Application to protein analysis. R. Nehmé, C. Perrin, H. Cottet, M.-D. Blanchin, H. Fabre. J. Chromatogr. A, 2011, 1218, 3537-3544.

[7] Polyelectrolyte multilayer coatings for the separation of proteins by capillary electrophoresis: influence of polyelectrolyte nature and multilayer crosslinking. S. Bekri, L. Leclercq, H. Cottet, J. Chromatogr. A., 2015, 1399, 80-87.

[8] Monitoring biopolymer degradation by Taylor dispersion analysis. J. Chamieh, J.-P. Biron, L; Cipelletti, H. Cottet, Biomacromolecules, 2015, 16, 3945-3951.

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