Il est en charge de l'administration de l'association. Il est constitué de représentants élus des sections régionales, des groupes thématiques, des clubs ou associations affiliés, de membres cooptés et des représentants du Comité Interprofessionnel des Fournisseurs de Laboratoires (CIFL) et du Club-Jeunes.
Le Conseil d'administration se réunit au moins deux fois par an et chaque fois qu'il est convoqué par son Président ou à la demande d'au moins la moitié de ses membres.
| Nom Prénom | Affiliation | Fonction au conseil |
| Cardinael Pascal | Université de Rouen, SMS |
Président de l'AFSEP Représentant du Club de Val de Seine |
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CNRS-Univ. Claude Bernard, Lyon |
Vice-présidente
Représentante du club Lyonnais
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Sorbonne université-ESPCI Paris |
vice présidente Représentante du club Ile de France |
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| Ecole vétérinaire Toulouse |
Trésorière Représentante du Club sud ouest |
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| Agasse Valérie | Université de Rouen, SMS |
Trésorière adjointe Représentant du Club de Val de Seine |
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Institut Des Sciences Analytiques |
Secrétaire Représentante du Club Lyonnais |
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| Bichon Emmanuelle | LABERCA / Oniris |
Secrétaire adjointe Représentante du CCOA |
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Thermo Fischer Scientific |
Représentant du CIFL |
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| Bouvarel Thomas | Sorbonne université-ESPCI Paris | Représentant du Club-Jeunes |
| Cottet Hervé | Représentant du groupe électrophorèse capillaire | |
| Focant Jean François | membre co-opté | |
| Francois Yannis | UMR 7140 UDS-CNRS "Chimie de la Matière Complexe" | représentant du groupe Grand Est |
| Garrigues Jean-Christophe | Université Toulouse 3 - Laboratoire des IMRCP UMR5623 | Représentant du CSO |
| Lethuaut Laurent | Représentant du club Ouest Atlantique | |
| Steyer Damien | représentant du groupe Grand Est | |
| Taverna Myriam | Institut galien Paris sud | Représentante du groupe CE |
| Thiébaut Didier | CNRS-ESPCI Paris | Représentant du club ile de france |
| Vieillard Julien | Université de Rouen, UMR CNRS 6014 COBRA | Webmaster |
| Violleau Frédéric | Ecole d'Ingénieurs de PURPAN | Représentante du groupe FFF |
| West Caroline | ICOA, Université d'Orléans | Membre co-opté |